La joven Rachel sobrevive rebuscando entre los restos de una ciudad en ruinas debido a la sequía y a la guerra. La ciudad es peligrosa, y está poblada por experimentos biológicos fallidos de la Compañía, además de por un oso gigantesco. Rachel y su compañero, Wick, viven refugiados en un viejo santuario que apenas se mantiene en pie. Un día, Rachel descubre a Borne: apenas es un bulto verde, pero desprende un extraño carisma ¿se trata de un animal? ¿una planta?, y se lo lleva al refugio. Borne le recuerda a la vida marina que conoció de niña, cuando vivía en una isla, y decide protegerlo. Hablar con él es divertido, y Borne está comenzando a descubrir el mundo. Todavía es ingenuo. Pero a medida que Borne crece, también cambia el equilibrio de poder en la ciudad.